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EMAN2 Installation Notes

Jul 6, 2022 ·   2 min
Research Study

看网上好像没有有关EMAN2的详细安装教程，于是摸鱼水了一篇

cryo-ET

Part of the EMAN2 series:

  1. EMAN2 Installation NotesThis post!
  2. EMAN2.91(WSL)安装QA
  3. Brief Workflow of Subtomogram Averaging using EMAN2

我用的系统是MacOS，所以我就简单写一下安装教程。

官网的安装教程请点击此处

1、下载.sh安装文件 Link to this heading

在官网下载EMAN2.91

2、准备一个安装路径 Link to this heading

比如我在/Users/hzvictor/下新建一个文件夹，命名为EMAN2。

那么我接下来安装的路径就是/Users/hzvictor/EMAN2

3、获取系统root权限 Link to this heading

bash
1sudo su

4、安装EMAN2 Link to this heading

bash
1bash <path-to-EMAN2-installer>

比如我就是：

bash
1bash /Users/hzvictor/EMAN2/eman2.91_sphire1.4_sparx_huge.MacOS.sh

然后根据提示安装。

如果更新或覆盖安装，在其后加-u

Warning

在询问安装路径时将安装路径改为自己的安装路径，比如/Users/hzvictor/EMAN2

如果不改的话默认就在/var/root里面了，能不能正常启动我不好说。我反正遇到了困难。

最后使用命令：

bash
1more ~/.bash_profile

检查bashrc中是否有：

bash
1# >>> conda initialize >>>
2# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
3...
4...
5...
6unset __conda_setup
7# <<< conda initialize <<<

有的话，应该正常安装完成。

5、配置环境 Link to this heading

修改bashrc以配置环境，关于bashrc的具体内容就不写了，就是个用户的环境变量。

bash
1vim ~/.bashrc

在末尾添加：

bash
1export PATH=/Users/hzvictor/EMAN2/bin:$PATH

然后保存并退出。

重新打开bashrc启用配置：

bash
1source ~/.bashrc

6、启动环境并测试 Link to this heading

EMAN2的运行需要在刚刚创建的特定环境中，如果不在环境中的话，容易报错或者影响其他进程的正常运行。

每当需要打开EMAN2时，需要用命令启动环境：

bash
1source /.../.../EMAN2/bin/activate

启动环境后，会看到增加了(base)。这就说明已经成功创建环境，在EMAN2的环境中了。

依次测试：

bash
1e2version.py
2e2speedtest.py
3e2display.py
4e2proc2d.py :64:64:1 test.hdf --process mask.sharp:outer_radius=24
5e2display.py test.hdf

都没有报错那么就说明安装成功。

如果有其他问题，查看官网安装教程，或在EMAN2的Github中提出issue，或者自己琢磨一下，问问导师。（问我我也不一定会啊）