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最近在看细菌遗传分析中水平基因转移原理的相关资料时,发现了一个很有趣的概念:性导sexduction/F-duction。 之前一直没有注意到,故作记录。

1 基本概念讨论 Link to this heading

对于性导sexduction概念争议还挺多的,而且很多主流教材似乎并没有把这个概念讲得很清楚。

1.1 两种观点比较 Link to this heading

(1)第一种观点:认为性导与接合概念等同。大部分地方都没有对接合conjugation和性导sexduction作区分(包括大部分主流教材),认为细菌只有transformation, transduction, conjugation三大类水平基因转移(HGT)的方法。英文维基百科将sexduction重定向至conjugation,大概认为接合的概念可以包含性导的概念,没有作明显区分。

比如之前我上微生物学时老师的课件:

transformation-transduction-conjugation-index-2024-04-16-10-48-28

以及随便搜到的一些online textbook:

libretexts-bio-index-2024-04-16-10-48-45

以至于我在认真搜这个性导概念之前,我以为只是接合的别名罢了。

(2)第二种观点:另一类观点认为性导不完全等于接合。在英文维基百科conjugation的讨论区,有人提出sexduction不等于conjugation,认为性导是由F’质粒参与的水平基因转移过程。我也是偶然发现的,中文维基百科讨论区没有人提出。

sexduction-vs-conjugation-index-2024-04-16-10-49-23

在PubMed搜索sexduction,只能搜索出5篇远古文献,并没有关于这个名词的综述,仅有在文中提及这个词的情况,不过这些文献在提到这个词时说的都是F’质粒参与的。比如一篇俄文文献:(当然我也只看了摘要)

pubmed-sexduction-index-2024-04-16-10-50-10

因此在收集性导sexduction相关资料时,我主要以第二种观点为主,看看为什么性导不完全等于接合。

1.2 第一种观点对于性导/接合的解释 Link to this heading

Oxfordreference对sexduction的解释:只是强调F因子,显然其观点是与第一种观点类似的,并没有对接合和性导作明显区分。 The process whereby a fragment of genetic material from one bacterium is carried with the sex factor F to a second bacterium.1

英文维基百科,细菌中接合conjuction的概念:(搜索sexduction后重定向至此) Bacterial conjugation is the transfer of genetic material between bacterial cells by direct cell-to-cell contact or by a bridge-like connection between two cells. This takes place through a pilus. It is a parasexual mode of reproduction in bacteria.2

要点:

  • 直接的细胞和细胞间接触或者形成桥样连接。这一点是与transformation和transduction区分的关键。
  • Pilus(性菌毛)介导的。而性菌毛通常被认为就是F质粒介导形成的。The F-factor allows the donor to produce a thin, tubelike structure called a pilus, which the donor uses to contact the recipient.3
  • 是细菌中的类有性生殖行为。

总之,第一种观点认为性导可以归为接合的一部分,这两个概念混用,直接用接合一个词代替了性导的概念。

1.3 第二种观点下的性导 Link to this heading

讨论区十几年前的说法是这样的:Sexduction is another process in bacteria resulting F-prime factor. It happens when an abnormal crossing over occures in Integrated F-Factor in genome resulting a F-factor with additional genes called F-prime factor.4

因此,第二种观点的关键在于性导是由F’因子介导的。

2 F-plasmid和F-prime factor Link to this heading

因此要解释性导,关键在于了解F因子/F质粒的概念以及分类。

F-plasmid概念:allows genes to be transferred from one bacterium carrying the factor to another bacterium lacking the factor by conjugation.5 又叫sex factor/F sex factor/fertility factor。

F-plasmid分类:5

  • Hfr bacteria possess the entire F episome integrated into the bacterial genome.
  • F+ bacteria possess F factor as a plasmid independent of the bacterial genome. The F plasmid contains only F factor DNA and no DNA from the bacterial genome.
  • F’ (F-prime) bacteria are formed by incorrect excision from the chromosome, resulting in F plasmid carrying bacterial sequences that are next to where the F episome has been inserted.
  • F- bacteria do not contain F factor and act as the recipients.

因此:

(1)Hfr是指F质粒整合至细菌基因组。与F-杂交几乎不能使F-变为F+,因为F因子总是最后转移。但是Hfr与F+本身可以相互转变。

hfr-index-2024-04-16-10-50-30

(2)F+是指F质粒在细菌基因组外部,独立于基因组存在,且质粒本身不存在细菌基因组自身的DNA。与F-杂交几乎都能使F-变为F+

f+-index-2024-04-16-10-50-45

(3)F’是指F质粒也在基因组外部,但是质粒上有部分基因组自身的DNA。是由Hfr形成的。F’ cells are formed from Hfr cell during induction of F-factor from chromosomal DNA in which F-factor carries a portion of chromosomal DNA along with it.

f-prime-index-2024-04-16-10-51-03

f-prime-formation-2024-04-16-10-56-15

F’的形成:F因子整合进细菌染色体-形成Hfr细菌中间态-裂解形成F’

其实就是Hfr与F+互相转变过程中失误造成的。

(4)F-是指没有F质粒的细菌,通常也是F因子的受体。

3 性导机制 Link to this heading

与F质粒一样,可以通过与F-菌株的接合而转移,也可以与主体DNA重新结合。

特殊的一点是,通过F’因子将供体主染色体上的基因导入受体细菌,受体细菌能够形成部分二倍体partially diploid。这也是性导sexduction的基本机制6

F’与F-细胞发生的性导过程,结果得到了两个F’7,这两个细菌都具有部分二倍体partially diploid的性质。

conjugation-between-f’-and-f–2024-04-16-10-56-56

Info:  部分合子/部分二倍体

Merozygote部分合子/partially diploid部分二倍体:含有一个亲本全部基因组和另一个亲本部分基因组的合子。

当然,部分二倍体不一定全部都是F’与F-接合导致的,Hfr和F-接合也可能形成部分二倍体

conjugation-between-hfr-f–2024-04-16-10-57-14

4 省流版 Link to this heading

因此根据上述资料,我倾向于第二种观点,并可以总结性导的几个特点:

  • 性导是F’因子介导的,将供体部分基因导入受体形成部分二倍体的过程。
  • F’因子的形成是由于Hfr发生自切除且切除失误,带了一部分细菌自身的DNA。
  • 性导过程使得受体的基因组增加,但并不减少供体本身的基因组
  • F’不存在蛋白质外壳包装的问题,其长度不受限制,可以携带不同长度的细菌本身基因组片段。
  • F’的性质介于F+和Hfr之间,可以像F+一样将F因子转移至F-,也可以像hfr一样将细菌部分DNA转移至F-,但是不像Hfr一样基本只能转移细菌自身DNA(因为在Hfr中F因子在染色体最末端)。F’将F因子转移给F-细胞的结果是,使得F-细胞成为新的F’细胞。但是这种重组频率较低。

当然,这只是我个人的理解,并且或许也不一定要钻概念的牛角尖,但是我觉得这个概念对于F’的认识还是很有帮助的。